Do được hình thành trên trầm tích của núi lửa, nên san hô ở Hòn Yến có vẻ đẹp riêng khác biệt so với một số loại san hô khác phân bố ở các vùng biển nước sâu thuộc các địa phương khác.

San hô ở Hòn Yến được phân bố ở tầng nông, gần bờ, mỗi khi thủy triều rút hô sẽ lộ thiên. Ngoài thường xuyên bị tác động bởi sóng biển, những rạn san hô lộ thiên gần bờ cũng dễ bị tác động bởi hoạt động ngắm san hô của người dân và du khách. Tỉnh Phú Yên đang triển khai các giải pháp dựa vào cộng đồng để bảo vệ san hô ở Hòn Yến.